La presidencia de Derqui
El 5 de marzo de 1860, la presidencia de la Argentina, aparentemente unificada luego de la firma del Pacto de San José de Flores, fue ocupada por el Doctor Santiago Derqui, el 5 de marzo de 1860, siendo su vicepresidente el General Esteban Pedernera.
La reconciliación entre Buenos Aires y la Confederación parecía ser un hecho, y para afianzarla, el flamante gobernador, Bartolomé Mitre, que había asumido el 2 de mayo de 1860, invitó a Santiago Derqui y a Urquiza a los festejos del Día de la Independencia, aunque los ánimos fueron tensos especialmente entre Urquiza y Mitre.
De acuerdo al Pacto de San José de Flores, Derqui realizó la convocatoria a una Convención Nacional, para aprobar las reformas constitucionales a la Ley Suprema sancionada en 1853, propiciadas por Buenos Aires, que no había participado en su redacción. El 1 de octubre de 1860 la Constitución reformada fue promulgada, y el 21 de octubre jurada por Buenos Aires.
Sin embargo, aún no era tiempo de paz, y los diputados por Buenos Aires al Congreso Nacional convocado de acuerdo al Pacto de San José de Flores fueron rechazados (no así los senadores que igual no se incorporaron en solidaridad con sus diputados) por haber sido nombrados de acuerdo a las normas provinciales y no a la ley general que el Congreso había sancionado en 1857, argumentando Buenos Aires que no había tenido representación al tiempo de votarse la ley.
Además, simultáneamente, la armonía también se rompió con el asesinato del coronel José Antonio Virasoro y su familia, que con el apoyo de Justo José de Urquiza se desempañaba en el cargo de gobernador de la provincia de San Juan, que había sido intervenida por Urquiza tras el asesinato del caudillo Nazario Benavides, en manos de los unitarios. Virasoro era impopular por sentirlo la gente ajeno a los intereses provinciales, y respondía a la ideología y política de Urquiza.
Tras la trágica muerte de Virasoro, el nuevo gobernador fue el Doctor Antonino Aberastain, amigo de Sarmiento y Mitre, y posible instigador del atentado contra Virasoro. Mitre negó toda participación en el crimen, y de acuerdo con Derqui designaron interventor de la provincia a Juan Saá, gobernador de San Luis, que, negándose a llegar a un acuerdo con el gobernador de facto, con toda crueldad se enfrentó a Aberastain, venciéndolo en la Rinconada del Pocito, terminando con la vida de este último y su gente, fusilándolos.
Derqui fue sindicado por Mitre como culpable del proceder sanguinario de Saá aunque jamás el Presidente de la nación manifestó su acuerdo con el proceder del interventor, sino todo lo contrario.
Ante estos hechos, el Pacto de San José de Flores fue declarado nulo por el Congreso reunido en Paraná, autorizando a Derqui a intervenir Buenos Aires con el objeto de pacificarla. El enfrentamiento otra vez era un hecho, lo que se concretó en la Batalla de Pavón el 17 de septiembre de 1861, que terminó con el gobierno de Derqui, por renuncia, habiendo cumplido un complicado mandato de solo dieciocho meses.